Pesantren Baitul Qur`an berkomitmen mencetak generasi penghafal Al-Qur’an yang berakhlak mulia, berdedikasi dalam dakwah, serta memiliki wawasan luas. Dengan landasan Al-Qur’an dan Sunnah, pesantren ini mengintegrasikan pendidikan keislaman, karakter, dan keterampilan untuk menghadapi tantangan zaman.

Berikut visi & misi yang menjadi pedoman dalam mewujudkan tujuan tersebut: