Di Pondok Pesantren Baitul Qur’an, pembentukan karakter santri menjadi salah satu aspek utama dalam pendidikan. Tidak hanya berfokus pada hafalan Al-Qur’an dan ilmu agama, tetapi juga pada pembinaan akhlak, kedisiplinan, serta wawasan yang luas.

Sebagai pedoman dalam kehidupan pesantren, ditetapkan Moto yang mencerminkan nilai-nilai utama yang harus dimiliki setiap santri. Selain itu, terdapat 6 Ruhul Ma’had, yaitu enam prinsip yang menjadi ruh kehidupan di pesantren. Prinsip-prinsip ini membentuk mental dan kepribadian santri agar tumbuh menjadi individu yang tangguh, berakhlak mulia, serta siap berdakwah dan mengabdi kepada umat.

Berikut adalah Moto dan 6 Ruhul Ma’had yang menjadi bagian dari identitas Pesantren Baitul Qur’an: